Отлаживаюсь на локальной машине и пару раз в день обновляю сервак... Файлы я просто перезаливаю с локальной, хотя могу использовать git, выйгрыша пока особого не вижу...
А вот можно ли обновлять базу MySQL с помощью Git? Иногда добавляю таблицы, поля и т.д.. При этом информация в базе на сервере постоянно пополняется...
Возможно вам стоит посмотреть в сторону миграций, как это сделано, например, в yii фреймворке. Где есть возможность как накатить, так и откатить изменения (на случай появления ошибок) в БД.
Тогда достаточно просто заливать на сервер только файлы с миграциями и исполнять, когда необходимо
можно хранить в репозитории дамп базы данных.
у mysql есть опция --skip-extended-insert, помогающая создать дамп удобного для контроля версий формата
