Во-первых, скачаем выбранную Вами Material Theme, перейдём в папку icons и посмотрим, какая иконка соответствует JavaScript.

Такая, как на Вашем скриншоте. В истории коммитов копаться неохота, однако предположу, что девелоперы сменили иконку, забыв отразить это в скриншотах на заглавной.
Если Вам не нравятся предлагаемые разработчиками тем, можете установить вручную в качестве иконки для используемых Вами языков программирования/разметки и прочих файлов любое изображение.
Для начала переместим требуемые изображения в какую-нибудь папку. Ссылки на некоторые наборы иконок выложены в данном треде на форуме Sublime Text, мы воспользуемся файлами из Material Theme, пусть для Sass там выбрана на мой взгляд неудачная иконка. Preferences → Browse Paskages... → User. Создаём папку Theme - Default, если она ещё не создана. Название для папки не я придумал, оно обычно используется. Копируем туда всё — или только изображения, которые пригодятся, — из папки icons Material Theme.
Preferences → Browse Paskages... → User → Theme - Default → создаём папку Preferences, в которой будут располагаться файлы, о которых зайдёт речь ниже. В один всё у меня вместить не получается, придётся с каждой иконкой связывать отдельный файл с расширением tmPreferences.
Ruby
В новый файл Ruby.tmPreferences вставляем XML-конструкцию ниже, и сохраняем его:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE plist PUBLIC "-//Apple//DTD PLIST 1.0//EN" "http://www.apple.com/DTDs/PropertyList-1.0.dtd">
<plist version="1.0">
<dict>
<key>scope</key>
<string>source.ruby</string>
<key>settings</key>
<dict>
<key>icon</key>
<string>Theme - Default/file_type_ruby</string>
</dict>
</dict>
</plist>
Между вторыми тегами <string></string> указывается путь к файлу иконки и его имя без расширения.
Sass
Предположу, что Вы получили неудовлетворительные результаты, поскольку не подключили отсутствующий по умолчанию в сборке Sublime Text 3 синтаксис Sass. Через Package Control устанавливаем плагин, который в Package Control (имена плагинов в репозиториях, на сайте Package Control и самом Package Control могут отличаться) называется просто Sass.
Теперь можно связывать sass-файлы с иконками. Создаём файл Sass.tmPreferences и вставляем в него код.
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE plist PUBLIC "-//Apple//DTD PLIST 1.0//EN" "http://www.apple.com/DTDs/PropertyList-1.0.dtd">
<plist version="1.0">
<dict>
<key>scope</key>
<string>source.sass</string>
<key>settings</key>
<dict>
<key>icon</key>
<string>Theme - Default/file_type_sass</string>
</dict>
</dict>
</plist>
Markdown
Здесь между первыми тегами <string></string> недостаточно по аналогии вписать source.markdown или source.md, и такое может случиться для других языков разметки/программирования. Потребуется вставить «область видимости», scope. Как её получить, я очень подробно расписал в данном ответе. Итак, достаём область видимости:

Сколько бы записей в ней не содержалось, нас интересует только первая, text.html.markdown.gfm, которую мы и вставляем в файл Markdown.tmPreferences:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE plist PUBLIC "-//Apple//DTD PLIST 1.0//EN" "http://www.apple.com/DTDs/PropertyList-1.0.dtd">
<plist version="1.0">
<dict>
<key>scope</key>
<string>text.html.markdown.gfm</string>
<key>settings</key>
<dict>
<key>icon</key>
<string>Theme - Default/file_type_markdown</string>
</dict>
</dict>
</plist>
Чтобы не вставлять код каждый раз вручную, рекомендую скачать набор из 70 tm.Preferences файлов для распространённых компьютерных языков.
Изображения
К примеру, у бинарных, исполняемых файлов или картинок области видимости посмотреть не получится. Чтобы изменить им иконки, необходимо добавить файлы со следующими названиями в папку, где лежит файл активной темы с расширением tmTheme, у меня он располагается по пути Preferences → Browse Paskages... → User.
file_type_binary.png
file_type_default.png
file_type_image.png
file_type_markup.png
file_type_source.png
file_type_text.png
Из названий понятно для чего они предназначены. Напротив наших изображений теперь будет стоять иконка с названием file_type_image.png
Если сделали всё по данной инструкции, у файлов с соответствующими расширениями в сайдбаре должны появиться вот такие иконки.

Буквально во всех темах, которые мне доводилось увидеть, за редким исключением используются одни и те же иконки. В светлых темах многие из них плохо видны, допустим, тот же оранжевый значок JS на жёлтом фоне.

А иконки, взятые со сторонних сайтов, выглядят не очень красиво. Легко сменить цвета самому можно, например, в GIMP при помощи функции Hue-Saturation. Открываем в этом графическом редакторе файл иконки → Tools → Color Tools → Hue-Saturation, и двигаем слайдеры, — изменение цвета достигается перемещением ползунка Hue:

После того, как подобрали колор, яркость и насыщенность, File → Overwrite file_type_%Ваш тип файла%.png.
Примеры изменённых мной таким образом иконок:
file_type_js.png
file_type_markdown.png
file_type_source.png
file_type_yaml.png

Возможные баги
Если вы скачали новую тему или схему, вне зависимости от того, будете ли использовать её или нет, иконки в сайдбаре могут пропасть. В консоли при этом выдаётся примерно следующая ошибка:
Errors parsing theme:
Rule is missing a class name
Unable to decode Packages/User/Theme - Default/arrow_down_over.png
pre session restore time: 0.3078
Устраняется проблема в 2 шага:
- Ctrl+Shift+P →
Package Control: Remove Package → выбираем нашу тему/цветовую схему и удаляем её. Можно сообщить о проблеме разработчику темы/схемы.
- У меня портились файлы с расширением
tm.Preferences, о которых говорилось выше. Вместо icons/file_type_ruby появлялись кракозябры.

Откройте любой tm.Preferences файл, посмотрите, есть ли там какие-то кракозябры, и если да, то сделайте массовую замену кракозябр на корректные символы в папке, где хранятся tm.Preferences файлы, с помощью поиска Ctrl+Shift+F.
После данных действий иконки вновь появлялись в моём сайдбаре.