не корректно выполняется push

Question

После создания пустого репозитория, заливаю проект на github так:

git init
git add .
git commit -m "Init commit"
git remote add origin <url моего репозитория>
git push -u origin master

На github получаю такую ситуацию: В папку app войти не могу, значит ее содержимое в комит не попало?.Как это исправить?

UPD: Проверил git status получил:

$ git status
On branch master
Your branch is up-to-date with 'origin/master'.
Changes not staged for commit:
  (use "git add <file>..." to update what will be committed)
  (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory)
  (commit or discard the untracked or modified content in submodules)

        modified:   app (modified content, untracked content)

no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a")