Есть предложение использовать ректальные датчики и CRM-систему для слежения за ними. Как известно, когда программист работает над кодом, у него неизбежно немного «пригорает», потому при правильной настройке системы (скажем, 3 пригорания в час), можно будет определить действительно ли программист работал или же прохлаждался за чаем с печеньем и обдумыванием путей возможного решения задачи.
Ну а если серьезно, то лучше такую задачу решать рыночными инструментами: диверсификацией разработчиков, мотивацией работать быстрее, введением KPI и прочими.